四联疗法治疗幽门螺杆菌的不良反应主要包括胃肠道反应、神经系统症状、过敏反应及其他少见反应，多数不良反应在停药后可缓解，特殊人群需谨慎用药。
胃肠道反应
常见表现为恶心、呕吐、腹泻、腹胀、食欲减退等，多因抗生素（如克拉霉素、阿莫西林等）对胃肠道菌群的影响及直接刺激所致。老年患者因胃肠功能减弱，症状可能更明显，建议餐后服用药物以减轻刺激。
神经系统症状
部分患者可能出现头痛、头晕、失眠或焦虑，克拉霉素等大环内酯类药物可能增加中枢神经系统不适风险。有精神疾病史者慎用，用药期间避免驾驶或操作机械。
过敏反应
皮疹、瘙痒、荨麻疹等过敏反应发生率较低，但严重过敏（如过敏性休克）罕见。用药前需确认过敏史，青霉素过敏者禁用阿莫西林，用药期间出现皮疹应及时就医。
其他少见反应
可能出现味觉异常、肝功能异常（转氨酶升高）、白细胞减少等。用药期间建议定期监测肝功能，肝肾功能不全者需调整剂量，孕妇及哺乳期女性需在医生指导下使用。儿童应避免使用成人剂量，优先选择儿童专用剂型。
