生殖器疱疹并非一直具有传染性。在无明显症状的潜伏期及症状消退后的非排毒期，传染性较低；而在发病期（尤其是水疱期）及恢复期早期，病毒活跃，传染性较强。
一、发病期的传染性
发病初期（1-2周），生殖器或肛周出现簇集性小水疱，伴随疼痛、瘙痒或灼热感，此阶段病毒大量复制，通过皮肤黏膜破损处传播，传染性极强，需严格避免性接触。
二、潜伏期的传染性
感染后至出现症状前，病毒潜伏于神经节内，部分患者（约50%）在潜伏期无病毒排出，传染性极低；但少数免疫低下者可能持续排毒，需结合检测确认。
三、症状消退后的传染性
水疱结痂、症状消失后，病毒可能仍潜伏在神经节，部分患者在恢复期1-4周内仍可排毒（亚临床排毒），尤其频繁复发者风险更高，需持续防护。
四、特殊人群的传染性
孕妇感染可能导致胎儿宫内感染或新生儿疱疹；免疫功能低下者（如HIV患者）排毒时间延长，传染性显著增加，需加强抗病毒治疗和防护。
五、降低传染性的措施
日常需保持患处清洁干燥，避免搔抓；发病期及恢复期早期使用安全套；规律作息、均衡饮食以提升免疫力，减少复发和排毒。
