甲硝唑可致胃肠道不适（因刺激黏膜）、头痛眩晕等神经系统反应、皮疹瘙痒等过敏情况及白细胞减少等血液系统影响，孕妇哺乳期妇女使用需谨慎，儿童用要留意剂量禁忌，肝病患者用需密切监测肝功。
一、胃肠道反应：甲硝唑较常见可引发恶心、呕吐、食欲减退等症状，相关研究显示约15%-30%的用药者会出现不同程度的胃肠道不适，此乃药物对胃肠道黏膜产生刺激所致。
二、神经系统反应：可导致头痛、眩晕，大剂量应用时还可能出现感觉异常、肢体麻木等情况，有研究表明约5%-10%的患者会出现神经系统相关症状，其机制可能与药物干扰神经系统代谢相关。
三、过敏反应：表现为皮疹、瘙痒，严重者可出现过敏性休克，过敏反应发生率约为1%-3%，过敏体质者相对更易发生。
四、血液系统影响：可引起白细胞减少等，虽发生率较低，但也需关注，有研究发现约0.5%-1%的用药者用药后出现血液系统指标异常。
五、对特殊人群的影响：孕妇及哺乳期妇女使用需谨慎，因可能对胎儿或婴儿产生不良影响；儿童使用时要特别留意剂量与禁忌，由于儿童肝肾功能发育尚未完全，对药物的代谢及耐受能力与成人不同，需严格遵循用药规范；有肝脏疾病史者使用甲硝唑时要密切监测肝功能，因为长期或大剂量使用可能影响肝功能，导致转氨酶升高等。
