儿童发育迟缓的病因主要包括营养因素（如蛋白质、维生素或矿物质摄入不足）、慢性疾病（如心肺肝肾疾病、内分泌疾病）、遗传因素（染色体异常或单基因疾病）、社会心理因素（如早期不良环境刺激、家庭支持不足）及环境因素（如铅暴露、接触有害物质）。
营养因素：长期摄入蛋白质不足导致肌肉骨骼发育延迟，维生素D缺乏影响骨骼与神经发育，铁缺乏引发认知和运动发育落后，锌缺乏影响食欲和生长激素分泌。
慢性疾病：先天性心脏病导致循环障碍，慢性肾病引发电解质紊乱，甲状腺功能减退影响代谢速率，哮喘或反复感染降低营养吸收效率，均可能延缓发育进程。
遗传因素：唐氏综合征等染色体疾病、特纳综合征等性染色体异常，以及如软骨发育不全等单基因疾病，均会导致发育迟缓，此类情况通常伴随特殊面容或躯体特征。
社会心理因素：0~3岁是语言和认知发展关键期，长期缺乏亲子互动、语言刺激或情感支持，可能导致语言发育迟缓、社交能力落后；家庭环境压力大或照顾者频繁更换也会影响儿童心理发育。
环境因素：铅暴露通过血脑屏障损害神经细胞，导致注意力不集中和认知障碍；长期接触甲醛、苯等有害物质影响器官发育；缺乏户外活动导致维生素D合成不足，影响骨骼发育。
