肛瘘主要由肛周脓肿未及时治疗、反复发作或处理不当引起，少数因克罗恩病、结核等特殊感染导致，是肛门直肠周围形成的异常通道。
一、肛周感染未彻底治疗
肛门腺感染：肛门内腺体（类似汗腺）堵塞后易感染，形成肛周脓肿（肛门周围红肿热痛的急性感染），若仅切开引流未处理内口，脓液可能沿组织间隙扩散，形成肛瘘。
脓肿自行破溃：部分患者脓肿破溃后，若引流不畅或反复感染，会在皮肤与直肠间形成异常通道，即肛瘘。
二、特殊感染与慢性疾病
克罗恩病：一种肠道慢性炎症性疾病，可累及肛周形成瘘管，患者常伴腹痛、腹泻等症状。
结核杆菌感染：结核分枝杆菌侵犯肛周组织时，会破坏局部结构形成肛瘘，病程长且易反复发作。
溃疡性结肠炎：严重时炎症可穿透肠壁，在肛周形成瘘管，但发生率较低。
三、先天性发育异常
新生儿肛瘘：极少数婴儿因胚胎期肛门直肠发育异常，出生后不久出现肛瘘，多为低位简单肛瘘，需手术矫正。
肛门直肠畸形：如先天性肛门闭锁合并瘘管，需及时手术修复，否则易继发感染。
四、医源性因素
手术操作不当：肛周脓肿手术时若内口处理不彻底、引流不畅，或痔疮手术损伤括约肌，可能诱发肛瘘。
放射治疗后：盆腔肿瘤放疗后局部组织纤维化，可能导致肛门直肠血液循环障碍，增加肛瘘风险。
五、不良生活习惯
长期便秘或腹泻：反复腹压增高或肠道刺激，易引发肛周感染；长期便秘者排便时易损伤肛管皮肤，诱发炎症。
久坐久站：导致肛周血液循环不畅，局部抵抗力下降，增加感染几率。
六、糖尿病等全身疾病
糖尿病患者：血糖控制不佳时，免疫力低下，易发生肛周感染且愈合缓慢，增加肛瘘风险。
免疫缺陷病：如艾滋病、长期使用激素者，感染后炎症扩散快，易形成复杂肛瘘。
七、其他因素
肛门外伤：如异物损伤、手术瘢痕等，破坏肛周组织完整性，可能继发感染形成肛瘘。
性传播疾病：如梅毒、淋病等病原体侵犯肛周，可引发局部炎症，长期不愈者可能形成肛瘘。
总结
肛瘘形成的核心原因是肛周感染未彻底控制，特殊感染、先天异常、不良生活习惯及全身疾病是重要诱因。预防需注意保持肛周清洁、避免便秘腹泻、控制慢性病；一旦出现肛周反复肿痛、流脓，应及时就医，避免病情复杂化。
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