单纯疱疹由单纯疱疹病毒引起，分1型和2型，有特定临床表现且易复发，可通过病毒培养、核酸检测、血清学检测诊断；艾滋病由人类免疫缺陷病毒引起，急性期症状多样，无症状期HIV持续破坏免疫，艾滋病期出现多种机会性感染和肿瘤，常用HIV抗体检测、核酸检测及CD4+T淋巴细胞计数诊断，单纯疱疹不是艾滋病，二者在病原体、临床表现、诊断方法等方面有明显区别。
单纯疱疹是由单纯疱疹病毒（HSV）引起，分为HSV-1型和HSV-2型。HSV-1型多引起口周等部位的疱疹，HSV-2型多引起生殖器部位的疱疹，其病毒结构相对简单，主要由核酸和蛋白质外壳组成。
艾滋病是由人类免疫缺陷病毒（HIV）引起，HIV是一种逆转录RNA病毒，结构更为复杂，有包膜等结构，它主要攻击人体免疫系统中的CD4+T淋巴细胞等。
临床表现方面
单纯疱疹：HSV-1型引起的初发感染可能表现为口唇部位成群的小水疱，水疱破溃后可结痂，一般伴有局部的灼热、瘙痒等症状，病程具有自限性，即使不治疗，1-2周左右也可自行愈合，但容易复发。HSV-2型引起的生殖器疱疹，初发时可出现生殖器部位的红斑、丘疹、水疱，可伴有疼痛、瘙痒、溃疡等，病程一般也是1-3周左右，也容易复发。不同年龄人群感染单纯疱疹的表现可能有所不同，儿童感染单纯疱疹时，症状可能相对成人更为明显，如口腔疱疹可能影响进食等。
艾滋病：在急性期，部分感染者可出现发热、咽痛、盗汗、呕吐、腹泻、皮疹、关节痛、淋巴结肿大及神经系统症状等，症状相对多样且不特异。进入无症状期后，患者可无明显症状，但HIV在持续破坏免疫系统。到了艾滋病期，患者免疫系统严重受损，会出现各种机会性感染和肿瘤。例如，可出现肺孢子菌肺炎（表现为发热、咳嗽、呼吸困难等）、念珠菌性食管炎（表现为吞咽疼痛、吞咽困难等）、卡波西肉瘤（皮肤出现紫红色或蓝紫色结节等）等，不同年龄、性别、生活方式的人群在艾滋病期的机会性感染表现可能不同，比如有吸毒史的人群可能更容易合并一些特殊的机会性感染。
诊断方法方面
单纯疱疹：可根据典型的临床表现初步诊断，如口唇或生殖器部位的疱疹表现。实验室检查方面，可进行病毒培养，将病变部位的疱液接种到适宜的细胞培养基中，可分离出单纯疱疹病毒；也可进行核酸检测，通过PCR等技术检测单纯疱疹病毒的核酸；还可进行血清学检测，检测患者血清中针对单纯疱疹病毒的抗体，如IgM抗体阳性提示近期感染，IgG抗体阳性提示既往感染。
艾滋病：HIV抗体检测是常用的筛查方法，包括初筛试验（如酶联免疫吸附试验等）和确证试验（如免疫印迹试验等）。核酸检测可用于HIV感染的早期诊断，以及监测抗病毒治疗效果等。CD4+T淋巴细胞计数是评估艾滋病患者免疫系统损伤程度的重要指标，一般来说，艾滋病期患者CD4+T淋巴细胞计数明显降低。不同年龄人群的CD4+T淋巴细胞正常参考值有所不同，儿童的正常范围相对较宽，随着年龄增长逐渐接近成人水平。
单纯疱疹不是艾滋病
单纯疱疹是由单纯疱疹病毒引起的常见病毒性皮肤病，而艾滋病是由人类免疫缺陷病毒引起的严重的免疫缺陷性疾病，二者在病原体、临床表现、诊断方法等方面均有明显区别，单纯疱疹患者的免疫系统一般不会像艾滋病患者那样严重受损，不会出现艾滋病期那样严重的机会性感染和免疫缺陷相关表现。
