药物流产与人工流产在适用情况、成功率、对身体影响、心理影响上有不同，特殊人群选择时需谨慎，多次流产史、有基础疾病、年龄较小等特殊人群选择流产方式需充分评估自身状况并与医生沟通。
药物流产：一般适用于妊娠≤49日、年龄无严格绝对禁忌但需考虑个体身体状况、自愿要求药物流产且无药物流产禁忌证（如肾上腺疾病、糖尿病等内分泌疾患、肝肾功能异常、妊娠期皮肤瘙痒史、血液系统疾病、血管栓塞等）的健康女性。
人工流产：适用于妊娠10周内要求终止妊娠且无禁忌证者，或因各种疾病不宜继续妊娠者。对于有生殖道炎症、各种疾病的急性期、全身情况不良不能耐受手术、术前两次体温在37.5℃以上等情况不宜行人工流产。
成功率
药物流产：完全流产率约为90%左右。有研究显示，规范使用药物流产的情况下，大部分女性能够通过药物作用使妊娠组织完整排出，但存在个体差异，少数人可能出现流产不全，需要进一步清宫处理。
人工流产：手术操作相对较为直接，成功率较高，一般可达99%以上，但也存在如子宫穿孔等并发症导致妊娠组织清除不彻底的极小概率情况。
对身体的影响
药物流产：对子宫肌层的损伤相对较小，但其出血时间较长，平均出血时间为14~18日，出血较多是药物流产的主要不良反应之一，这可能增加贫血及感染的风险。从激素变化角度看，药物流产是通过药物干扰激素水平来终止妊娠，可能会引起女性体内激素短时间内较大波动，对内分泌系统有一定影响，但这种影响通常是暂时的，多数女性在流产后一段时间可恢复正常。
人工流产：手术操作可能会对子宫内膜造成一定程度的直接损伤，如过度搔刮等可能导致子宫内膜变薄，影响下次月经及受孕情况，但相对来说出血时间较短，一般7~10日左右出血会停止。人工流产对身体的影响更多集中在手术操作相关的子宫、宫颈等局部组织损伤方面。
心理影响
药物流产：药物流产是在家中服用药物的方式，部分女性可能会担心流产是否完全、出血情况等，心理压力可能相对持续时间较长，尤其是在等待流产过程以及观察出血情况时会有较多心理负担。
人工流产：手术过程是在医院进行，部分女性可能会对手术产生恐惧心理，术后可能会因对手术疼痛的记忆等产生一定心理阴影，但相对来说心理压力可能在手术结束后随着身体逐渐恢复而有所缓解。
对于特殊人群，比如有多次流产史的女性，无论是药物流产还是人工流产，再次流产都可能增加子宫内膜损伤、宫腔粘连、继发不孕等风险，这类女性在选择流产方式时需要更加谨慎，充分评估自身身体状况，并与医生充分沟通后再做决定；对于肝肾功能不全等有基础疾病的女性，药物流产使用的药物需要通过肝肾代谢，可能会加重肝肾负担，需要医生评估后谨慎选择药物流产；而对于年龄较小的女性（未到法定婚育年龄意外妊娠），需要在家长陪同下充分了解两种流产方式的利弊后再做选择，并且要考虑到流产对未来生殖健康等多方面的潜在影响。
