生殖器疱疹主要由单纯疱疹病毒引起，HSV-2是主要致病病原体，HSV-1也可引起，病毒可经皮肤黏膜微小破损侵入潜伏，诱因下激活复发，无保护性行为、性传播疾病协同作用会增加发病风险，先天性免疫缺陷、后天性免疫低下人群易感染且病情可能更严重，皮肤黏膜破损及局部温暖潮湿环境也利于病毒侵入引发生殖器疱疹。
一、单纯疱疹病毒感染
生殖器疱疹主要由单纯疱疹病毒（HSV）引起，其中HSV-2是主要致病病原体，约占90%，HSV-1也可引起生殖器疱疹，约占10%。单纯疱疹病毒可通过皮肤黏膜微小破损侵入机体，在局部上皮细胞内复制，然后沿神经末梢上行至神经节内潜伏。当机体抵抗力下降等诱因作用下，潜伏的病毒被激活，再次繁殖并沿神经纤维下行至末梢，到达皮肤黏膜引起复发。例如，有研究发现，在机体处于发热、劳累、月经来潮等状态时，机体免疫力降低，潜伏的HSV-2更易被激活导致生殖器疱疹复发。
二、性行为因素
无保护性行为：与患有生殖器疱疹的患者进行无保护的阴道性交、口交或肛交等性行为时，感染单纯疱疹病毒的风险显著增加。因为性行为过程中皮肤黏膜的密切接触为病毒的传播提供了直接途径。例如，多个性伴侣的人群相比单一性伴侣人群，感染生殖器疱疹的概率更高，这是由于性伴侣越多，接触不同感染源的机会越多。
性传播疾病的协同作用：当同时患有其他性传播疾病时，如梅毒、淋病等，会使生殖器部位的黏膜屏障受损，更有利于单纯疱疹病毒的侵入，从而增加生殖器疱疹的发病风险。例如，梅毒患者的生殖器溃疡会破坏局部的皮肤黏膜完整性，使得HSV更容易感染并引发生殖器疱疹。
三、机体免疫力状况
先天性免疫缺陷：先天性免疫功能低下的人群，如患有先天性免疫缺陷综合征的患儿，由于自身免疫系统不能有效抵御单纯疱疹病毒的入侵，更容易感染生殖器疱疹，且感染后病情可能更严重，复发频率更高。例如，这类患儿在接触HSV后，病毒难以被及时清除，会持续在体内复制并引起反复的生殖器疱疹发作。
后天性免疫低下：长期患有慢性疾病，如艾滋病、糖尿病等，会导致机体免疫力下降。艾滋病患者由于CD4+T淋巴细胞被HIV大量破坏，免疫力严重受损，感染HSV后极易发生严重的生殖器疱疹感染，且病情难以控制；糖尿病患者血糖控制不佳时，机体的免疫功能受到影响，也更容易感染单纯疱疹病毒引发生殖器疱疹，并且伤口愈合等能力下降，使得疱疹的恢复过程更缓慢，复发风险增加。另外，长期使用免疫抑制剂的人群，如器官移植后服用免疫抑制剂的患者，其机体免疫力被抑制，感染HSV后发生生殖器疱疹的几率大大增加，且病情可能较为顽固。
四、局部皮肤黏膜状态
皮肤黏膜破损：当生殖器部位的皮肤黏膜存在破损时，如因外伤、过度摩擦等导致的破损，单纯疱疹病毒更容易侵入。例如，长期穿紧身不透气的内裤，会使生殖器部位皮肤长期处于潮湿且摩擦增加的状态，容易造成皮肤黏膜轻微破损，为HSV感染创造条件，增加生殖器疱疹的发病风险。
局部温度和湿度：生殖器部位相对温暖潮湿的环境有利于单纯疱疹病毒的存活和繁殖。这种环境为病毒提供了适宜的生存条件，使得病毒更容易在局部定植并引发感染。例如，在夏季，气温较高，人体出汗多，生殖器部位湿度增加，更有利于HSV的生长，从而增加了生殖器疱疹的发病几率。
