尿道炎治疗药物主要有抗生素类和中药类。抗生素类包括喹诺酮类（如诺氟沙星，18岁以下慎用）、磺胺类（如复方磺胺甲噁唑，过敏者禁用，需大量饮水）、头孢菌素类（如头孢克肟，青霉素过敏史者慎用）；中药类如三金片（孕妇慎用）。用药前最好做病原菌检查及药敏试验，不同患者（孕妇、老年等）用药有差异，有不洁性生活史者需考虑性传播疾病可能且性伴侣需同时检查治疗。
抗生素类药物：
喹诺酮类：如诺氟沙星，通过抑制细菌DNA旋转酶（细菌拓扑异构酶Ⅱ）的活性，阻碍细菌DNA复制而达到杀菌作用，对大肠埃希菌、克雷伯菌属、变形菌属、沙门菌属等有较好抗菌活性，可用于治疗尿道炎，但18岁以下患者应避免使用，因为可能影响软骨发育。
磺胺类：如复方磺胺甲噁唑，是磺胺甲噁唑与甲氧苄啶的复方制剂，两者合用可双重阻断细菌叶酸合成途径，对大肠埃希菌、克雷伯菌属等有抗菌作用，不过对磺胺类药物过敏者禁用，且用药期间需大量饮水，保持尿液稀释，防止结晶尿等不良反应。
头孢菌素类：如头孢克肟，通过与细菌细胞膜上的青霉素结合蛋白结合，阻碍细菌细胞壁合成，达到杀菌效果，对淋球菌等有较好抗菌活性，对于淋菌性尿道炎有较好疗效，有青霉素过敏史者需慎用。
中药类药物：一些具有清热利湿、通淋作用的中药制剂也可用于尿道炎的辅助治疗，如三金片，其主要成分有金樱根、菝葜、羊开口、金沙藤、积雪草等，能清热解毒、利湿通淋、益肾，可缓解尿道炎引起的尿频、尿急、尿痛等症状，但使用时需遵循中医辨证论治原则，且孕妇慎用。
不同类型的尿道炎致病菌可能不同，急性单纯性膀胱炎和非复杂性急性尿道炎的常见病原菌为大肠埃希菌等肠杆菌科细菌，而淋菌性尿道炎的病原菌为淋病奈瑟菌，衣原体或支原体性尿道炎的病原菌为衣原体或支原体。因此，在选择药物前最好能进行病原菌检查及药敏试验，以选择敏感的药物。同时，不同年龄、性别的患者在用药上可能也有差异，例如孕妇患尿道炎时用药需更加谨慎，要选择对胎儿影响小的药物；老年患者可能存在肝肾功能减退，用药时需调整剂量并密切监测肝肾功能。此外，有不洁性生活史的患者患尿道炎时需考虑性传播疾病的可能，性伴侣也需同时检查和治疗。
