甲状腺囊肿的发病与多种因素相关，包括碘代谢异常（碘摄入不足或过多影响甲状腺功能，儿童对碘摄入异常更敏感）、先天性甲状腺发育异常（胎儿期甲状腺结构异常致功能受影响）、炎症因素（自身免疫性或感染性炎症刺激甲状腺组织）、内分泌紊乱（激素失衡影响甲状腺功能，女性因生理阶段雌激素波动大易受影响）、遗传因素（家族有病史个体风险增加，特定基因变异致易感性不同）。
一、碘代谢异常
碘是合成甲状腺激素的重要原料，当人体碘摄入不足或过多时，可能影响甲状腺的正常功能，从而引发甲状腺囊肿。例如，长期处于缺碘地区的人群，甲状腺会通过代偿性增生等机制试图合成足够的甲状腺激素，在此过程中可能形成囊肿；而短时间内大量摄入碘，也可能干扰甲状腺的正常生理过程，增加甲状腺囊肿的发生风险。不同年龄人群对碘代谢异常的易感性有所不同，儿童处于生长发育阶段，对碘的需求相对敏感，若碘摄入异常更易影响甲状腺发育。
二、先天性甲状腺发育异常
一些人存在先天性甲状腺发育方面的问题，如甲状腺组织本身的结构异常等，这会使甲状腺的正常功能受到影响，进而可能导致甲状腺囊肿的形成。这种先天性因素在胎儿发育时期就已存在，不同性别胎儿在发育过程中对先天性甲状腺发育异常的易感性无明显性别差异，但在出生后的表现可能因个体差异有所不同。
三、炎症因素
甲状腺部位的炎症，无论是自身免疫性炎症还是感染性炎症，都可能影响甲状腺组织。例如，自身免疫性甲状腺炎会导致甲状腺组织受损，引发一系列免疫反应，进而可能促使甲状腺囊肿的形成；细菌、病毒等感染引起的甲状腺炎症，也会刺激甲状腺组织，改变其正常的结构和功能，增加甲状腺囊肿发生的可能性。不同年龄人群患甲状腺炎症的概率不同，老年人由于机体免疫力相对较低，更易发生感染性甲状腺炎症，从而增加甲状腺囊肿风险。
四、内分泌紊乱
体内激素水平的紊乱，尤其是与甲状腺功能密切相关的激素失衡，会影响甲状腺的正常生理功能。例如，雌激素水平的变化可能对甲状腺组织产生影响，导致甲状腺囊肿的发生。女性在不同生理阶段，如青春期、孕期、更年期等，体内雌激素水平波动较大，相对更容易出现内分泌紊乱相关的甲状腺囊肿问题。而男性在某些疾病状态下也可能出现内分泌紊乱影响甲状腺功能的情况。
五、遗传因素
遗传因素在甲状腺囊肿的发病中也起到一定作用。如果家族中有甲状腺囊肿的病史，那么个体患甲状腺囊肿的风险可能会增加。不同遗传背景的人群对甲状腺囊肿的遗传易感性不同，一些特定的基因变异可能使个体更容易受到上述各种因素的影响而发生甲状腺囊肿。例如，某些家族遗传的甲状腺相关基因缺陷，会使家族成员在面对相同的环境因素时，更易出现甲状腺囊肿的病理改变。
