HPV感染受多种因素影响，性行为传播中性生活开始年龄早、性伴侣多者风险高，男女均可感染，女性健康问题更多样；黏膜接触传播包括母婴传播及口腔等黏膜密切接触；免疫因素上儿童免疫弱但多可清除病毒，老年人及免疫缺陷人群易持续感染；其他因素有长期吸烟降低免疫增加感染风险，不良卫生习惯有一定影响，有其他生殖道感染性疾病者易感染。
年龄与性伴侣数量：性生活开始年龄较早以及性伴侣数量较多的人群，感染HPV的风险显著升高。这是因为频繁的性接触增加了病毒传播的机会，不同性伴侣带来了多种HPV亚型感染的可能性。例如，有研究表明，18岁前开始性生活的女性，相比25岁后开始性生活的女性，HPV感染率明显更高；性伴侣超过10个的男性，感染高危型HPV的概率远高于性伴侣少的男性。
性别差异：男性和女性都可能通过性行为感染HPV，但女性由于生殖系统的生理特点，感染后的相关健康问题更为多样，如宫颈病变等，但男性也可能感染HPV并成为病毒携带者传播给他人。
黏膜接触传播
母婴传播：母亲患有HPV感染时，在分娩过程中，胎儿通过产道可能会接触到HPV病毒，从而导致新生儿感染。不过这种情况相对较少见，但确实存在感染风险。例如，有报道显示，母亲生殖道有HPV感染的情况下，新生儿咽喉部等部位可能检测到HPV病毒。
黏膜密切接触的其他情况：除了性行为，口腔等黏膜部位的密切接触也可能导致HPV感染，虽然相对少见，但也有相关病例报道。比如，有因口交等黏膜密切接触行为导致口腔部位HPV感染的情况出现。
免疫因素
不同年龄人群的免疫差异：儿童免疫系统尚未完全发育成熟，相对成人来说，对HPV感染的抵抗力较弱，但儿童感染后多数可通过自身免疫系统清除病毒，很少导致持续感染；而老年人随着年龄增长，免疫功能逐渐衰退，对HPV的清除能力下降，更容易发生HPV的持续感染，进而增加相关病变的发生风险。例如，一项针对不同年龄段女性HPV感染的追踪研究发现，60岁以上女性HPV持续感染率高于30-40岁女性。
免疫缺陷人群：患有艾滋病等免疫缺陷疾病的人群，以及长期使用免疫抑制剂的患者，由于机体免疫功能受到严重影响，无法有效识别和清除HPV病毒，感染HPV后发生持续感染以及相关恶性病变的概率大幅增加。比如，艾滋病患者感染HPV后，发展为宫颈癌等恶性肿瘤的风险比正常人群高数十倍。
其他因素
生活方式：长期吸烟的人群，烟草中的有害物质会影响机体的免疫功能，降低机体对HPV的清除能力，从而增加HPV感染的易感性以及持续感染的可能性。有研究表明，吸烟者HPV持续感染率比不吸烟者高约30%；不良的卫生习惯，如不注意外阴清洁等，也可能在一定程度上增加HPV感染的风险，但相对来说不是主要因素。
既往病史：有其他生殖道感染性疾病的人群，如患有淋病、衣原体感染等，会使生殖道黏膜处于炎症状态，破坏了黏膜的完整性，更有利于HPV病毒的入侵和感染。例如，合并淋病的女性感染高危型HPV的概率高于没有淋病感染的女性。
