尖锐湿疣的治疗包括西医治疗和中医治疗。西医治疗有局部药物治疗（鬼臼毒素酊、咪喹莫特乳膏）、物理治疗（激光、冷冻、电灼治疗）、手术治疗（巨大疣体）；中医治疗包括中药内服（辨证论治，如湿热下注证用龙胆泻肝汤加减）和中药外治（熏洗法、外敷法）。
西医治疗尖锐湿疣
局部药物治疗：
鬼臼毒素酊：通过抑制被感染细胞的有丝分裂起到治疗作用，适用于治疗直径≤10mm的生殖器疣，临床研究显示其对部分初发尖锐湿疣有较好疗效。
咪喹莫特乳膏：能调节局部免疫，诱导干扰素及其他细胞因子的产生，从而发挥抗病毒和抗增殖作用，可用于外生殖器和肛周的尖锐湿疣。
物理治疗：
激光治疗：利用高能激光束使疣体组织炭化、坏死，达到去除疣体的目的，对于单发或少量多发疣体可选用，治疗过程相对快捷，但可能会有疼痛、遗留瘢痕等风险，不同年龄、性别患者在治疗时需根据具体情况调整能量等参数。
冷冻治疗：以液氮或二氧化碳冻枪使疣体组织坏死，适用于疣体较小、数目较少的情况，低温可能会引起局部疼痛等不适，对于儿童等特殊人群要注意冷冻范围和程度，避免过度冷冻造成损伤。
电灼治疗：用高频电针或电刀切除疣体，适用于各种疣体，操作时要注意深度和范围，防止过度损伤正常组织。
手术治疗：对于巨大尖锐湿疣，可考虑手术切除，适用于疣体较大、其他治疗方法效果不佳的情况，手术需充分评估患者全身状况等因素。
中医治疗尖锐湿疣
中药内服：多根据患者的证候进行辨证论治，如湿热下注证，常用龙胆泻肝汤加减，方中龙胆草清利肝胆湿热，黄芩、栀子苦寒泻火，泽泻、木通、车前子清热利湿，当归、生地养血滋阴，柴胡疏利肝胆，并引诸药归于肝胆经，临床研究表明某些中药方剂在改善患者症状、减少复发方面有一定作用，但具体用药需由医生根据患者个体情况调配。
中药外治：
熏洗法：可用马齿苋、黄柏、苦参、蛇床子等中药煎水熏洗患处，起到清热解毒、燥湿止痒等作用，通过药物的温热和药力作用于局部，促进疣体消退，不同年龄患者在熏洗时要注意温度，避免烫伤。
外敷法：可将一些具有腐蚀性或抗病毒作用的中药制成膏剂等外敷疣体，如鸦胆子制剂等，但使用时需谨慎，密切观察局部反应，防止对正常皮肤造成过度损伤。
