乙脑减毒活疫苗与灭活疫苗在制备工艺、免疫效果、接种反应、适用人群及禁忌症等方面存在差异，减毒活疫苗保留部分活性、免疫应答速度快但持久性略逊、局部和全身反应较轻，适用人群有年龄限制且免疫低下者需谨慎；灭活疫苗病毒完全灭活、免疫应答速度慢、局部和全身反应稍多、适用人群更广且免疫低下者可接种，两者禁忌症有相似处。
一、疫苗制备工艺方面
乙脑减毒活疫苗是将乙型脑炎病毒接种到原代地鼠肾细胞中，经过培养、收获病毒液后，加入适宜稳定剂冻干制成，是减毒活病毒疫苗，保留了病毒的部分活性，但毒力已减弱。
乙脑灭活疫苗是将乙型脑炎病毒接种到地鼠肾细胞中培养，收获病毒液后用甲醛灭活病毒，再经纯化等步骤制成，是灭活病毒疫苗，病毒已被完全灭活失去活性。
二、免疫效果方面
免疫应答速度：乙脑减毒活疫苗接种后，一般7-10天即可产生中和抗体，免疫应答速度相对较快；乙脑灭活疫苗通常需要接种2-3剂次后，经过一定时间才能产生较好的免疫应答，免疫应答速度相对较慢。
免疫持久性：乙脑减毒活疫苗接种1剂次后，多数人可产生较持久的免疫力，有研究显示其保护效果可维持10年左右；乙脑灭活疫苗需要加强免疫，通常全程免疫后，免疫力持续时间相对减毒活疫苗稍短，一般加强免疫后可维持较长时间，但总体免疫持久性略逊于减毒活疫苗。
三、接种反应方面
局部反应：乙脑减毒活疫苗接种后局部反应相对较轻，少数人可能出现注射部位轻度红肿、疼痛等；乙脑灭活疫苗接种后局部反应发生率相对稍高，局部红肿、疼痛等症状可能相对较明显，但一般多可自行缓解。
全身反应：乙脑减毒活疫苗接种后全身反应较少，少数人可能出现低热等；乙脑灭活疫苗接种后全身反应相对稍多，可能出现低热、乏力等，一般程度较轻，少数人可能出现中度发热等情况，但总体严重全身反应发生率较低。
四、适用人群方面
年龄差异：乙脑减毒活疫苗一般适用于8月龄以上健康儿童及由非疫区进入疫区的儿童和成人；乙脑灭活疫苗适用人群相对更广泛，6月龄-10岁儿童以及成人中易感者等均可接种。对于低龄儿童，需根据年龄等具体情况合理选择，如6月龄婴儿一般先接种乙脑灭活疫苗。
特殊人群：对于免疫功能低下者，乙脑减毒活疫苗可能需要谨慎使用，因为减毒活疫苗有潜在的病毒再活化风险；而乙脑灭活疫苗相对更安全，免疫功能低下者也可接种，但免疫效果可能受一定影响。对于有发热、急性疾病等情况的人群，两种疫苗都需要根据病情评估后决定是否接种，一般病情急性期不建议接种。
五、禁忌症方面
乙脑减毒活疫苗的禁忌症包括对疫苗所含成分过敏者；患急性疾病、严重慢性疾病、慢性疾病的急性发作期和发热者；免疫缺陷、免疫功能低下或正在接受免疫抑制治疗者；妊娠期妇女。
乙脑灭活疫苗的禁忌症包括对疫苗所含成分过敏者；患急性疾病、严重慢性疾病、慢性疾病的急性发作期和发热者；妊娠期妇女。
