食管囊肿可能会压迫到呼吸系统，容易引起患者发生呼吸不畅，胸闷等症状。有些患者的食管囊肿过大，还会直接压迫到肺部，导致患者的肺部功能受到限制，引起患者出现气喘、呼吸困难等症状。
食管囊肿还会引起患者的呼吸道系统出现反复感染等情况。患者的食管囊肿压迫到呼吸系统以后，患者的呼吸道就会发生局部变形，变形的组织，可能就会出现严重缺血等情况发生。发生这类情况后，患者的气管可能会出现病变发应造成局部反复发炎，引起患者上时间咳嗽等症状。患者发生气管发炎时，患者可能会出现发烧、乏力等症状。
食管囊肿病情严重时，可能会将患者的器官直接挤破，致使患者出现更加严重的情况。患者气管发生破裂时，患者还会出现支气管强烈扩张等情况，严重时会引起患者肺部肿大，正常非脓肿。
食管囊肿长的过大时，会影响患者进食，患者在吃饭时明显感觉到吞咽困难，吃饭时胸口可能还会出现疼痛等症状。这类症状经常发生时，患者会逐渐开始害怕吃饭，导致患者出现厌食等症状。患者厌食后会出现营养不良，身体快速消瘦，导致患者出现乏力，头晕等症状。
