婴儿房间隔缺损有可能会自愈。
婴儿房间隔缺损大多数发生在4岁之前，特别是1岁以内。如果属于小型房间隔缺损，一般无需手术干预，可以定期检查复诊观察，通常有15%的自然闭合率。较大的房间隔缺损在成年以后容易发生心力衰竭和肺动脉高压的潜在风险，应在儿童时期进行修复。
外科手术修补疗效确切，但创伤较大、恢复时间较长，在排除其他合并畸形，严格掌握指征的情况下，婴儿房间隔缺损可以通过导管介入封堵。年龄大于两岁、缺损边缘致上腔静脉、下腔静脉、冠状静脉窦右上肺静脉之间距离≥5mm、至房室瓣距离≥7mm的患者可以选择介入手术。
