支原体脑炎是指肺炎支原体引起的脑炎，目前临床无统一诊断标准，若患者同时有呼吸系统和神经系统症状，有肺炎支原体感染证据、存在多器官及系统受累、脑脊液常规检查结果与病毒性脑炎相似者，可考虑为肺炎支原体脑炎的可能。
目前临床中脑脊液的聚合酶链式反应阳性和培养血清肺炎支原体IgM阳性、冷凝集试验阳性可作为肺炎支原体脑炎的金标准，但有研究表明，肺炎支原体感染的脑炎患者脑脊液的聚合酶链式反应阳性率只有2%，肺炎支原体也可通过免疫损伤间接引起脑炎，所以脑脊液的聚合酶链式反应阴性并不能作为排除肺炎支原体脑炎的标准。
此外，也可通过其他辅助检查来完善确诊条件，比如血液检查，观察血常规数值，以中性粒细胞升高为主，有关文献报道肺炎支原体脑炎患者白细胞最高可达48.6x10^6/L。
