感染幽门螺杆菌一般会出现口臭的现象，但是并不是所有的口臭都跟幽门螺杆菌感染有关系。
感染幽门螺杆菌后，其会在胃部寄生后，持续分解胃内的尿素并生成大量的氨气、二氧化碳等气体类物质。其次，胃部黏膜组织长期受幽门螺杆菌侵袭时可诱发急慢性胃炎、胃溃疡、胃癌等疾病并导致胃内菌群失衡，胃内食物残渣在产气荚膜梭菌、甲烷菌等产气细菌的作用下可持续发酵分解并生成甲烷、硫化氢等气体。当上述各类气体混合时即可产生浓烈异味并引起口臭，其中急慢性胃炎、消化性溃疡患者口臭多为酸臭味，幽门梗阻、胃癌患者口臭多为臭鸭蛋味。
患有口腔疾病、糖尿病等也会导致患者出现口臭的现象。患者患有口腔疾病时，食物残渣、坏死组织在细菌作用下发酵分解时，即可产生浓烈臭味并引起口臭;糖尿病患者自身胰岛素分泌不足或胰岛素受体敏感性下降可导致机体无法正常摄取葡萄糖，此时机体会消耗脂肪作为能量来源，但消耗脂肪的过程中会产生较多的丙酮，故患者呼出的气体可带有浓烈的烂苹果味，也可形成口臭。
