第三腰椎横突综合征的病因尚未完全明确，考虑与解剖学因素、姿势因素、急性损伤、神经受压等有关。
1、解剖学因素
第三腰椎处于腰椎生理前凸的顶点，是腰椎活动最大的椎体，也是腰椎疾病常见的部位。横突受到的牵拉应力较大，在长期慢性积累性损伤作用下，横突尖端的浅层肌肉和韧带受到损伤，局部产生无菌性炎症反应，从而引起第三腰椎横突综合征。
2、姿势因素
人体的力学分布不平衡，骨盆前倾使腰骶角变大，腰大肌和髂肌对第三腰椎横突的牵拉应力加大，易导致肌肉劳损。此外，长期久坐、久站、经常弯腰工作、姿势不正确等也会导致肌肉劳损，进而引发第三腰椎横突综合征。
3、急性损伤
急性损伤，如腰扭伤、椎间小关节扭伤等，可导致腰肌痉挛，从而牵拉损伤附着于横突上的肌肉、筋膜，引起第三腰椎横突综合征。
4、神经受压
在横突孔内走行的神经是肋间神经的下段，该神经在经过横突根部时受到牵拉、挤压、摩擦等刺激，可引起第三腰椎横突综合征。
