目前口底癌的发病原因还不明确，可能和吸烟饮酒、咀嚼槟榔、病毒感染等因素有关。
1、吸烟饮酒
有研究发现，长期吸烟会导致患者口腔黏膜出现不同程度炎性增生、咽白斑等癌前病变，所以口底癌的发生可能和吸烟有关。其次，研究还表明，酒精与口底黏膜反复接触可造成局部黏膜发生化学性烧伤，促进癌变。
2、咀嚼槟榔
槟榔质地坚硬，咀嚼过程中容易造成口腔黏膜机械性损伤和慢性炎症，炎症反复刺激口底黏膜使黏膜异常增生时，也可能会引发口底癌。
3、病毒感染
有学者研究认为，口底癌的发生还可能和人乳头瘤病毒感染有关。尤其是高危型HPV16和HPV18持续感染，可能和癌前病变、口底癌有关。
