盐酸氨基葡萄糖胶囊的副作用比较小，部分患者用药后可能会伴有胃肠道不适反应、过敏反应等，具体如下：
1、胃肠道不适反应
少数患者服用盐酸氨基葡萄糖胶囊后，容易出现恶心、腹胀、便秘、腹泻等症状，特别是胃溃疡患者，用药后相关不适反应明显。一般建议吃饭时或饭后服用盐酸氨基葡萄糖胶囊，不适反应可减轻。
2、过敏反应
个别患者由于体质特殊性，服用盐酸氨基葡萄糖胶囊后，皮肤会出现过敏反应，包括皮肤红斑、皮肤瘙痒及皮疹等。如果本身属于过敏体质者，需慎用；如果已经明确对盐酸氨基葡萄糖胶囊有过敏反应，则需禁用。
虽然盐酸氨基葡萄糖胶囊的副作用相对较小，但还是建议患者遵医嘱用药。如果正在使用其他药物，尤其是四环素类药物，如多西环素、美他环素，或是非甾体抗炎药和利尿药，如氢氯噻嗪、螺内酯等，使用前请咨询医师或药师，以免产生药物的互相作用。
