临床上，肛门坠胀的病因复杂，各个部位的病变如肛门、直肠、前列腺等都可能引起肛门坠胀，除此之外，如性传播性疾病，也可能导致肛门坠胀。
1.肛门病变
包括肛周脓肿、肛瘘、肛门炎、肛裂、痔疮、肛周克罗恩病、肛门癌等肛门相关病变。如肛周脓肿，由于肛腺堵塞或肛窦感染，发炎组织周围脓液聚集，从而产生肛门脓肿，可有红肿热痛，引发肛门坠胀感；痔疮中的外痔发炎时也可导致肛门坠胀症状的发生。
2.直肠病变
包括炎症性肠病、直肠息肉、直肠癌。直肠下与肛管相连，炎症性肠病由于炎症的刺激，导致直肠内压力增大，而产生肛门坠胀；直肠息肉、直肠癌可压迫直肠末端压力感受器，引发直肠刺激症状，从而导致肛门坠胀。
3.前列腺病变
包括前列腺炎、前列腺增生、前列腺神经内分泌癌等。如前列腺炎，炎症可直接刺激直肠而出现肛门坠胀感。前列腺增生合并感染时，也可引起肛门坠胀，而重度的前列腺增生即使不并发感染，在导致尿潴留时，也可产生肛门坠胀。
4.性传播性疾病
如淋病，疱疹和人乳头瘤病毒等，当刺激到直肠壁的感受器时，可有肛门坠胀不适。
