疱疹性咽峡炎和手足口病的区别主要在于病原体、症状、并发症的不同。
1.病原体不同
疱疹性咽峡炎主要由柯萨奇A组病毒引起，少数为肠道病毒71型感染。手足口病主要由肠道病毒71型和柯萨奇A组16型感染引起。
2.症状不同
疱疹性咽峡炎的主要症状是发热和咽痛，口腔内出现小疱疹或溃疡，通常在软腭、扁桃体和咽峡部。手足口病除了发热和咽痛外，还会在手掌、足底、臀部和口腔黏膜等部位出现皮疹或疱疹。
3.并发症不同
疱疹性咽峡炎的并发症相对较少，主要为中耳炎、肺炎等。手足口病的并发症较多，尤其是肠道病毒71型感染，可引起病毒性脑炎、无菌性脑膜炎、急性弛缓性麻痹、肺水肿、肺出血、心肌炎等。
