早上醒来心脏怦怦跳，有可能是生理性因素所致，也可能是植物神经紊乱、心肌炎等病理性因素引起，需要根据原因进行针对性的处理，具体如下：
1、生理性因素
早上醒来心脏怦怦跳，考虑是近期工作压力过大、夜间失眠、做噩梦等因素，导致交感神经过度兴奋，释放较多的儿茶酚胺类物质造成，属于正常的生理现象。
患者需要放松心情，注意劳逸结合。晚上睡前可以用温水泡脚、喝一杯温牛奶，提高睡眠质量。通常去除诱因后，症状可以得到缓解。
2、植物神经紊乱
植物神经紊乱是由于遗传、营养代谢异常、精神刺激等因素所致。患者病情严重可累及心血管系统，出现早上醒来心脏怦怦跳的症状。患者还可伴随头晕、视物模糊、胸闷、憋气、四肢麻木等症状。
患者可以服用调节植物神经功能的药物，比如谷维素、维生素B1等进行治疗。针对于心脏怦怦跳，可以服用普萘洛尔、美托洛尔进行对症处理。
3、心肌炎
心肌炎是心肌发生局限性或者弥漫性的炎症性病变。患者的心肌功能会受到损害，甚至引起心律失常，从而会出现早上醒来心脏怦怦跳的现象。患者病情严重，可出现胸痛、气短、呼吸困难等症状。
患者需要注意休息，避免情绪激动，可以在医生指导下服用辅酶Q、磷酸肌酸等药物，改善心肌能量代谢。对于病毒感染引起的心肌炎，需要使用抗病毒药物进行治疗，比如更昔洛韦、阿昔洛韦等。对于细菌感染导致的心肌炎，可以使用青霉素、头孢菌素等药物治疗。
