急性咽峡炎可由多种病因引起，包括病毒、细菌、支原体等感染，以及环境刺激、过敏反应等。
1.病毒感染
常见的病毒如柯萨奇病毒A组、B组，肠道病毒71型等。这些病毒通过飞沫传播或接触感染者的分泌物而感染，病毒感染可引起咽峡部黏膜充血、水肿，出现疱疹或溃疡。
2.细菌感染
主要由链球菌、肺炎链球菌等引起。通过飞沫传播或接触感染者的污染物而感染，细菌感染可导致咽峡部化脓，出现咽痛、高热等症状。
3.支原体感染
支原体感染也可引起急性咽峡炎，支原体通过呼吸道飞沫传播，患者可出现咽痛、咳嗽等症状。
4.环境刺激
长期暴露在干燥、多尘、空气污染的环境中，或过度用嗓等，可刺激咽峡部黏膜，导致炎症，这种情况下，咽峡炎可能是由于非感染因素引起的。
5.过敏反应
对某些食物、药物、花粉等过敏时，可引起过敏反应，导致咽峡部炎症，过敏反应引起的咽峡炎通常伴有皮疹、瘙痒等症状。
