睡眠呼吸暂停综合征部分患者可以临床治愈，部分患者难以完全治愈，需长期管理。
睡眠呼吸暂停综合征分为阻塞性、中枢性和混合性，以阻塞性最为常见。对于阻塞性睡眠呼吸暂停综合征，如果能明确病因且病因可去除，部分患者可治愈。例如，因扁桃体肥大、腺样体肥大等上气道解剖结构异常导致的患者，通过手术切除肥大组织，解除气道阻塞，可有效缓解症状，实现临床治愈。一些因肥胖引起的患者，通过积极减重，使颈部脂肪减少，气道狭窄改善，也可能使病情明显缓解甚至治愈。
然而，对于许多患者来说，睡眠呼吸暂停综合征难以完全根治。比如，一些患者存在先天性的颌面结构异常，如小下颌、上颌后缩等，虽可通过手术等方式改善，但难以完全恢复正常解剖结构，可能仍会残留一定程度的呼吸暂停。还有一些老年患者，由于机体功能衰退、肌肉松弛等原因，气道塌陷问题难以彻底解决。另外，对于存在多种复杂病因，如同时有肥胖、年龄因素、遗传因素等的患者，通常需要长期进行综合治疗，如使用持续气道正压通气治疗等，以控制症状，减少并发症，但较难完全治愈。
中枢性睡眠呼吸暂停综合征，由于涉及中枢神经系统功能异常，一般也较难治愈，常需长期依赖辅助呼吸等治疗手段。
