三叉神经痛的病因主要是周围病原学说、中枢病因学说、变态反应学说、家族遗传学说、综合病因学说。
1.周围病原学说
三叉神经末梢到脑干核团的任何部位发生病变都可刺激三叉神经，使中枢神经系统发生生理功能紊乱和器质性改变，从而发生三叉神经分布区内的面部三叉神经痛疾病的发作。
2.中枢病因学说
三叉神经脊束核丘脑及大脑皮质均可因周围病变刺激及中枢本身的伤害性刺激，而导致三叉神经痛疾病发作。
3.变态反应学说
因为三叉神经痛疾病的疼痛发作有一个触发点，即“扳机点”，轻微刺激脸或唇、舌、齿龈、鼻翼的某一点，就有可能激发该区的神经痛，三叉神经痛患者的面部都存在特别敏感的神经点，稍受刺激就会引发疼痛，并放射到全身。
4.家族遗传学说
在临床上发现，三叉神经痛疾病似乎有家族遗传倾向，在其发病机制上，不能认为是单一因素，可能有遗传因素参与。
5.综合病因学说
目前有学者认为，三叉神经痛的发生可能是一种与面神经和脑干内类似的异位兴奋灶，因三叉神经痛的“扳机点”在脑干内某些部位，属于中枢神经系统的一种疾病。
