中药治疗肛瘘有一定作用，但存在局限性。
中药内服方面，一些清热解毒、活血化瘀、祛湿排脓的中药方剂，可调节身体内部环境，增强机体免疫力，促进肛瘘炎症的消退和创面的愈合。比如，某些含有黄连、黄柏、金银花等成分的汤剂，能起到抗菌消炎的效果。
中药外用也有一定疗效，如中药熏洗、坐浴。将具有消肿止痛、去腐生肌作用的中药煎汤后，对肛瘘部位进行熏洗、坐浴，能改善局部血液循环，减轻疼痛和肿胀，促进瘘管愈合。
然而，中药治疗肛瘘通常起效较慢，对于复杂性肛瘘或瘘管较深的情况，单纯依靠中药往往难以根治。手术治疗才是彻底治愈肛瘘的主要方法。因此，肛瘘患者应在医生指导下，根据自身病情选择合适的治疗方案，必要时需结合手术与中药综合治疗。
