肛瘘的诊断主要依靠症状、检查和其他辅助检查。
1.症状
流脓是主要症状，脓液多少与瘘管长短、多少有关，新生瘘管流脓较多，分泌物刺激皮肤而瘙痒不适，当外口阻塞或假性愈合时，瘘管内脓液积存，局部肿胀疼痛，甚至发热，以后封闭的瘘口破溃，症状方始消失。平时一般疼痛不明显。脓液积存于管腔内引流不畅时，局部胀痛，并有明显压痛，脓液引流后疼痛减轻。由于脓液不断刺激肛周皮肤，常感觉瘙痒，肛周潮湿不适，皮肤变色、表皮脱落，纤维组织增生和增厚，有时形成湿疹。
2.检查
肛门指诊时在内口处有轻度压痛，少数患者可扪到硬结或条索状物，由外口通向肛管。肛门镜检查可见内口，有时可发现支管。探针检查用探针从瘘外口插入，可查出瘘管的走行和深度。
3.其他辅助检查
磁共振成像（MRI）对复杂性肛瘘的诊断有一定帮助。超声检查可了解瘘管的深度和范围。
