月经不调的原因主要包括神经内分泌功能失调、卵巢问题、器质病变或药物、肥胖、压力、贪凉、便秘和吸烟等，此外，全身性疾病也可能引起月经失调。
1.神经内分泌功能失调
主要是下丘脑-垂体-卵巢轴的功能不稳定或是有缺陷，即月经病。
2.卵巢问题
育龄期女性月经不调一般多是因为卵巢黄体功能不好，常表现为有周期，但是周期缩短，或者月经出血比较多。
3.器质病变或药物等
包括生殖器官局部的炎症、肿瘤及发育异常、营养不良；颅内疾患；其他内分泌功能失调如甲状腺、肾上腺皮质功能异常、糖尿病、席汉氏病等；肝脏疾患；血液疾患等。使用治疗精神病的药物；内分泌制剂或采取宫内节育器避孕者均可能发生月经不调。某些职业如长跑运动员容易出现闭经。此外，某些妊娠期异常出血也往往被误认为是月经不调。
4.肥胖
肥胖是由于摄入的热量多于人体所消耗的热量引起的，女性长期肥胖的结果将导致机体内分泌与新陈代谢失常而引起月经失调、月经稀发、闭经、功能性子宫出血。医学临床中时常会见到肥胖病人，月经延后、量少、闭经，甚至发生多囊性卵巢综合征。
5.压力
正值生育年龄的女性，如果长期处于压力下，会抑制脑下垂体的功能，使卵巢不再分泌女性荷尔蒙及不排卵，月经就会开始紊乱。同样，长期的心情压抑、生闷气或情绪不佳，也会影响到月经。
6.贪凉
女性经期受寒，会使盆腔内的血管收缩，导致卵巢功能紊乱，可引起月经量过少，甚至闭经。
7.便秘
便秘可能会引起女性月经紊乱。直肠内大便过度充盈后，子宫颈会被向前推移，子宫体则向后倾斜。如果长时间反复发生子宫后倾，阔韧带内的静脉就会受压而不畅通，子宫壁会发生充血，并失去弹性。若子宫长久保持在后倾位置，就会发生腰痛、月经紊乱。
8.吸烟
烟草中的尼古丁能降低性激素的分泌量，从而干扰与月经有关的生理过程，引起月经不调。每天吸烟1包以上的女性，月经不调者是不吸烟妇女的3倍。
需要注意的是，一些全身性疾病如血液病、高血压、肝病、内分泌病、流产、宫外孕、葡萄胎、生殖道感染、肿瘤（如卵巢肿瘤、子宫肌瘤）等均可引起月经失调。如果出现月经不调的情况，应及时就医，明确原因，并进行相应的治疗。同时，保持良好的生活习惯和心态，对于调节月经也非常重要。
