宝宝睡着后咳嗽可能与环境因素、鼻部疾病、胃食管反流病、咳嗽变异性哮喘、感染后咳嗽等有关，也可能是百日咳、气管-支气管异物等其他疾病导致，具体原因需就医后确定，不建议自行用药。
1.生理因素：
环境因素：空气干燥、有刺激性气味等，可能刺激宝宝的呼吸道，引起咳嗽。
卧位因素：宝宝仰卧时，分泌物容易积聚在喉咙后部，刺激咳嗽。改变宝宝的体位，如侧卧或抬高头部，可能有助于减轻咳嗽。
2.上气道咳嗽综合征：
鼻部疾病：如鼻炎、鼻窦炎，分泌物倒流刺激咽部可引起咳嗽。
腺样体肥大：腺样体肥大可导致鼻塞、流涕，分泌物倒流刺激咳嗽。
治疗上，对于鼻部疾病，可使用生理性海盐水喷鼻、糠酸莫米松鼻喷雾剂等药物治疗；对于腺样体肥大，严重者可能需要手术治疗。此外，还应注意保持宝宝的鼻腔清洁，及时清理分泌物。
3.胃食管反流病：
胃酸反流：胃酸反流刺激食管和喉部，可引起咳嗽。
其他：还可能伴有烧心、反酸、呕吐等症状。
治疗上，可使用奥美拉唑肠溶胶囊、枸橼酸莫沙必利分散片等药物抑酸、促进胃肠动力；调整饮食，避免过饱、睡前2~3小时避免进食；抬高床头15~20厘米等。
4.咳嗽变异性哮喘：
气道高反应性：咳嗽是主要表现，可能在夜间或凌晨加重。
过敏因素：可能与过敏有关，如对尘螨、花粉等过敏。
治疗上，主要是使用糖皮质激素（如布地奈德气雾剂）、支气管舒张剂（如沙丁胺醇气雾剂）等药物治疗；避免接触过敏原；注意保暖，预防呼吸道感染。
5.感染后咳嗽：
感染后气道炎症：上呼吸道感染后，咳嗽可能持续数周甚至数月。
其他：可能与气道敏感性增加有关。
一般不需要特殊治疗，咳嗽多会逐渐缓解。但如果咳嗽严重影响宝宝的睡眠和生活，可在医生的指导下使用止咳药物。
此外，一些其他疾病，如百日咳、气管-支气管异物等也可能导致宝宝睡着后咳嗽。如果宝宝咳嗽持续时间较长、咳嗽频繁、伴有其他症状，或咳嗽原因不明，建议及时就医，进行相关检查，如血常规、胸片、过敏原检测等，以明确原因，并在医生的指导下进行治疗。同时，要注意保持宝宝的呼吸道湿润，多喂水；避免宝宝接触过敏原；注意室内通风等。
需要注意的是，以上内容仅供参考。不同宝宝的情况可能不同，治疗方法也应根据具体情况而定。在使用任何药物之前，最好先咨询医生或药师的意见。此外，对于6个月以下的宝宝，咳嗽时不建议使用止咳药物。如果宝宝出现咳嗽、呼吸急促、发热等异常症状，应及时就医。
