肛瘘手术过程中一般不会感到疼痛，但术后会有一定程度的疼痛，但是疼痛程度因人而异。
在肛瘘手术时，通常会采用局部麻醉、硬膜外麻醉或全身麻醉等方式，使患者在手术过程中失去痛觉，所以手术时患者一般不会感到疼痛。然而，术后随着麻醉效果的消退，伤口会逐渐出现疼痛，因为肛瘘手术会在肛门周围形成创口，肛门周围神经丰富，对疼痛比较敏感。
术后疼痛的程度与多种因素有关，如手术方式、创口大小、患者的疼痛耐受程度等。一般来说，传统的肛瘘切开术或挂线疗法创口相对较大，疼痛可能会较为明显；而一些微创手术方式，如肛瘘栓填塞术、LIFT术等，创口较小，疼痛相对较轻。此外，患者的个体差异也很大，有些患者对疼痛耐受性较高，感觉疼痛相对较轻，而有些患者则对疼痛比较敏感，会觉得疼痛较为剧烈。
医生会采取一系列措施来缓解术后疼痛，如使用布洛芬等止痛药、坐浴、局部冷敷等。
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