近视手术是矫正近视的有效方法，但和其他手术一样，可能存在一些后遗症，比如干眼、眩光、角膜并发症、对比敏感度下降、视力回退等。
1.干眼
手术切断角膜表面神经纤维，使角膜知觉减退，泪液分泌调节功能受影响，同时手术改变角膜形态，导致泪膜稳定性下降。表现为眼睛干涩、有异物感、畏光、视力波动等，多数患者症状在术后数月内逐渐减轻，可通过使用人工泪液缓解。
2.眩光
手术改变角膜形态，使光线在眼内折射和散射异常，尤其在夜间瞳孔扩大时，周边光线不能准确聚焦在视网膜上。夜间或暗光环境下，看灯光周围有光晕或出现眩光，影响视觉质量。部分患者随时间推移会逐渐适应，症状减轻，但少数人可能长期存在。
3.角膜并发症
包括角膜感染、角膜瓣相关问题（如角膜瓣移位、褶皱）等，感染与手术操作无菌不严格、术后护理不当有关；角膜瓣问题多与手术技术、个体角膜情况有关。角膜感染可出现眼痛、眼红、视力下降等；角膜瓣移位或褶皱会导致视力急剧下降、视物模糊等。
4.对比敏感度下降
手术对角膜光学特性的改变，影响眼睛对不同对比度物体的分辨能力。在光线较暗或对比度较低的环境中，视物清晰度下降，影响驾驶等日常活动。部分患者术后可逐渐恢复，但也有少数人恢复不完全。
5.视力回退
术后用眼习惯不佳，如长期过度用眼、近距离用眼时间过长，导致眼轴再次变长；或角膜愈合反应过度，使角膜曲率发生变化。
