扁平疣擦药后颜色变深可能是药物副作用，也可能是病情加重，还可能是其他原因，应及时就医，明确原因并采取相应措施。
1.药物副作用
一些治疗扁平疣的药物，如咪喹莫特乳膏、氟尿嘧啶乳膏等，可能会导致皮肤色素沉着，使扁平疣的颜色变深。这种情况通常是暂时的，停药后会逐渐恢复。如果颜色变深的情况不严重，可以继续观察，等待其自然消退。如果颜色变深的情况比较严重，或者伴有瘙痒、疼痛等不适症状，应及时就医，医生可能会建议停药或更换其他药物。
2.病情加重
扁平疣擦了药后颜色变深，也可能是病情加重的表现。这可能是由于药物没有起到预期的效果，或者患者没有注意避免搔抓、摩擦等刺激，导致疣体扩散。此时，应及时就医，医生可能会调整治疗方案，如增加药物的剂量或种类，或者联合其他治疗方法，如激光、冷冻等。
3.其他原因
扁平疣擦了药后颜色变深，还可能是由于其他原因引起的，如过敏、感染等。如果患者对药物过敏，可能会出现皮肤红肿、瘙痒等症状，此时应立即停药，并清洗皮肤。如果皮肤出现感染，可能会出现红肿、疼痛、渗出等症状，此时应及时就医，医生可能会给予抗生素治疗。
需要注意的是，扁平疣具有传染性，可通过直接或间接接触传播。因此，在治疗期间，应避免搔抓疣体，以免疣体扩散。同时，应注意个人卫生，勤洗手，避免与他人共用毛巾、浴巾等物品。
总之，如果扁平疣擦了药后颜色变深，应及时就医，明确原因，并采取相应的处理措施。同时，应注意个人卫生，避免搔抓疣体，以免病情加重。
