子宫内膜异位症会影响怀孕，其影响程度与病变部位、病情严重程度等因素有关。
如果子宫内膜异位症发生在子宫肌层、输卵管、卵巢等生殖器官部位，会降低卵巢功能，影响卵细胞发育和排卵，还会引起子宫腺肌症、输卵管堵塞、卵巢囊肿等疾病，进而影响怀孕，严重时可能导致继发性不孕。例如，异位内膜组织侵入卵巢会破坏其正常结构，导致排卵障碍；盆腔粘连会使输卵管扭曲、堵塞，影响精子和卵子结合及受精卵运输。
但是，并非所有患者都会不孕。如果子宫内膜异位症未发生在生殖器官上，一般不影响怀孕，但可能引起继发性痛经。对于轻症患者，尤其是病变局限在卵巢的，可通过药物或手术治疗缓解症状，提高受孕率；病情严重或治疗后仍未怀孕的女性，可考虑辅助生殖技术。
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