疱疹性咽峡炎的病因是肠道病毒感染，免疫力低下、不良卫生习惯、密切接触传播、环境因素等因素均可能导致感染。
1.免疫力低下
儿童、老年人及免疫力较弱的人群容易感染疱疹性咽峡炎，当身体的免疫力下降时，无法有效抵御病毒入侵，使得病毒在咽喉部大量繁殖，进而引发疾病。免疫力低下的原因可能包括身体过度疲劳、营养不良、患有慢性疾病或长期使用免疫抑制剂等。
2.不良卫生习惯
不注意手卫生，经常用手触摸口鼻，容易接触到病毒并引发感染。不注意饮食卫生，食用被污染的食物和水也可能导致发病。此外，共用牙刷、餐具等个人物品，也会增加感染疱疹性咽峡炎的几率。
3.密切接触传播
与疱疹性咽峡炎患者近距离接触，如面对面交谈、共用餐具、拥抱等，可能导致病毒传播。接触被病毒污染的玩具、桌椅等物品后，不注意洗手就触摸口鼻，也会被感染。
4.环境因素
疱疹性咽峡炎多发生在夏秋季，此时气温较高，湿度较大，适合病毒的生存和传播。在人口密集、空气不流通的场所，如幼儿园、学校、商场等，肠道病毒易传播，可能引起疱疹性咽峡炎的流行。
