吴茱萸具有散寒止痛、降逆止呕、助阳止泻的功效，现代研究表明，它还具有抗炎、镇痛、抗血栓形成、抗心律失常、降血压、抗病原微生物等作用，但吴茱萸性热，易耗气动火，故不宜多用、久服，孕妇及阴虚有热者忌用。
1.散寒止痛
吴茱萸性热，能温脾益肾、助阳止泻，可用于治疗脾肾阳虚、五更泄泻等症，常与补骨脂、肉豆蔻、五味子等药物同用。吴茱萸还能散寒止痛，可用于治疗厥阴头痛、寒疝腹痛等症，常与生姜、人参、大枣等药物同用。
2.降逆止呕
吴茱萸能降逆止呕，可用于治疗胃寒呕吐、脘腹胀痛等症，常与生姜、半夏、人参等药物同用。吴茱萸还能下气止痛，可用于治疗肝郁化火、肝火犯胃所致的胁肋胀痛、呕吐吞酸等症，常与黄连、白芍、木香等药物同用。
3.助阳止泻
吴茱萸能助阳止泻，可用于治疗脾肾阳虚、五更泄泻等症，常与补骨脂、肉豆蔻、五味子等药物同用。吴茱萸还能温中止泻，可用于治疗脾胃虚寒、脘腹胀痛、呕吐泄泻等症，常与党参、白术、干姜等药物同用。
4.抗炎
吴茱萸中的吴茱萸碱和吴茱萸次碱具有抗炎作用，能抑制二甲苯所致小鼠耳廓肿胀，减少醋酸所致小鼠腹腔毛细血管通透性的增加，降低蛋清所致大鼠足跖肿胀度。
5.镇痛
吴茱萸中的吴茱萸碱和吴茱萸次碱具有镇痛作用，能减少小鼠醋酸所致的扭体反应次数，提高小鼠热板法致痛的痛阈。
6.抗血栓形成
吴茱萸中的吴茱萸内酯具有抗血栓形成作用，能延长小鼠的凝血时间，抑制血小板聚集。
7.抗心律失常
吴茱萸中的吴茱萸碱具有抗心律失常作用，能对抗乌头碱所致的大鼠心律失常，降低氯仿所致的小鼠心室颤动的发生率。
8.降血压
吴茱萸中的吴茱萸内酯具有降血压作用，能降低麻醉犬的血压，对肾上腺素所致的大鼠血压升高有一定的颉颃作用。
9.抗病原微生物
吴茱萸中的吴茱萸碱和吴茱萸次碱具有抗病原微生物作用，对多种细菌和真菌有抑制作用。
需要注意的是，吴茱萸性热，易耗气动火，故不宜多用、久服。孕妇及阴虚有热者忌用。
