混合痔手术存在一定后遗症风险，包括疼痛、出血、肛门狭窄等，但并非都会发生。
手术过程会造成肛门局部组织损伤，术后疼痛较为常见。伤口创面受排便、换药等刺激，疼痛可能持续数天甚至数周，尤其在排便时，粪便摩擦创面，会加剧痛感。若术中止血不彻底，或术后过早剧烈活动、便秘导致创面裂开，还会引发出血。少量渗血较常见，严重时可能出现大量出血，需二次处理。另外，手术切除组织过多，或术后创面发生感染、瘢痕过度增生，都可能导致肛门狭窄，排便时会感到困难、疼痛，粪便变细，甚至出现排便不尽感。
不过，这些后遗症并非不可避免。经验丰富的医生会精准把控手术范围，尽量减少组织损伤，采用先进的吻合器痔上黏膜环切术（PPH）、选择性痔上黏膜吻合术（TST）等术式，能降低并发症发生几率。术后规范护理也至关重要，通过坐浴保持创面清洁、合理饮食预防便秘、按时换药促进愈合等措施，可有效减少后遗症出现。即便出现轻微肛门狭窄等问题，也可通过扩肛治疗等手段改善。
