血吸虫病在多数情况下能够彻底治愈，但也存在复杂性。
目前，吡喹酮是治疗血吸虫病的优选药物，它能使血吸虫虫体肌肉发生强直性收缩而瘫痪，使其“肝移”，随后被机体免疫系统清除，对各型血吸虫病均有良好疗效，且安全性高、疗程短。早期血吸虫病患者，及时足量使用吡喹酮治疗，可有效杀灭体内血吸虫成虫，消除症状，实现彻底治愈。
但是，对于晚期血吸虫病患者，由于长期感染导致肝脏等器官出现纤维化、门脉高压等不可逆的器质性病变，即便使用药物清除了体内寄生虫，已造成的器官损害难以完全恢复，仍需针对并发症进行长期治疗和管理。此外，如果治疗不规范、再次接触疫水导致重复感染，也会影响治疗效果。但只要遵循医嘱规范治疗，避免再次感染，大多数血吸虫病患者可获得良好预后。
