十二指肠损伤主要有2大原因，即腹部外伤与医源性损伤。前者分为闭合伤和开放伤2大类。后者常因内镜检查和治疗以及右半结肠切除术、胆囊切除术、右肾切除术等手术时误伤所致。
因腹部挫伤所致闭合性十二指肠损伤的机制一般认为是外力直接将十二指肠管挤压于腰椎椎体上而造成。受伤部位以十二指肠降部为主。在十二指肠、空肠交界处，十二指肠处于固定位置，而与之相连的空肠则游离，受伤时空肠上端被突然扯动时，所产生的剪力造成十二指肠远端处的破裂。也有人认为十二指肠空肠曲为锐角，受伤时如幽门括约肌紧闭，十二指肠即有可能成一闭襻，外力作用于肠管使腔内压力骤增，促使肠管爆裂。
十二指肠所受外力的程度不同，可表现出不同类型的损伤：轻者为肠壁挫伤形成血肿，十二指肠之间血肿可能存在于黏膜下、肌肉内或浆膜下，以浆膜下最多见。较大的血肿可阻塞十二指肠，临床上出现高位肠梗阻症状如呕吐胆汁，导致脱水和电解质紊乱。
重者则破裂穿孔，由于十二指肠前半部在腹腔内，后半部在腹膜外，故其破裂穿孔可以发生在腹腔内，亦可发生在腹膜外。发生在腹腔内的破裂穿孔，因肠内容物大量溢入腹腔，而引起腹膜炎，临床症状和体征均很明显;发生在腹膜外的破裂穿孔，则造成腹膜后间隙感染，临床症状和体征不明显或延迟出现，胰腺与肝胆管因其解剖关系常合并损伤。部分病例可损伤十二指肠大血管而致大出血。以上诸多原因均可导致病人发生休克。
