气管食管瘘的症状多样，呼吸道症状有进食时尤其是吞咽液体食物引发的呛咳，儿童呛咳可能更频繁剧烈甚至窒息，还因食物等进入气道引发肺部感染，表现为发热、咳嗽、咳痰、肺部湿啰音及炎症浸润影，可致支气管扩张等并发症；消化系统症状有因瘘口周围组织炎症水肿或原发病变引起的吞咽困难，程度不一，长期可致营养不良，还有因食管生理功能破坏导致的食物或胃液反流，刺激口腔咽喉并加重呼吸道症状；其他症状包括瘘口大时食物等阻塞气道引发的呼吸困难，轻者活动后气促，重者安静时也呼吸困难甚至发绀，以及因进食受限导致的营养不良，影响各年龄段患者健康。
一、呼吸道症状
1.呛咳：这是气管食管瘘较为突出的临床表现。由于食管与气管之间存在异常通道，当患者进食，尤其是吞咽液体食物时，食物可通过瘘口进入气管，刺激气道引发呛咳。例如，饮水或进食稀粥等流食时，可突然出现剧烈呛咳，甚至导致食物从口鼻喷出。不同年龄阶段，呛咳的程度和表现可能有差异。儿童尤其是婴幼儿，因自身咳嗽反射等发育尚不完善，呛咳可能更为频繁和剧烈，严重时可引起窒息，危及生命；而成年人呛咳相对较易控制，但频繁的呛咳也会严重影响生活质量。
2.肺部感染症状：因食物、唾液等不断进入气道，易引发肺部感染。常见症状包括发热，体温可升高至38℃甚至更高，具体体温因感染严重程度和个体差异而不同。同时伴有咳嗽、咳痰，痰液可为脓性，量增多。肺部听诊可闻及湿啰音，影像学检查如胸部X线或CT常可发现肺部炎症浸润影。反复的肺部感染可导致支气管扩张等并发症，严重影响肺功能。对于有基础肺部疾病的患者，如慢性阻塞性肺疾病患者，气管食管瘘引发的肺部感染可能使病情急剧加重，治疗难度增大。
二、消化系统症状
1.吞咽困难：部分患者可出现吞咽困难症状，程度轻重不一。这主要是由于瘘口周围组织可能存在炎症、水肿，或者原发病变（如食管癌等导致的气管食管瘘）影响食管的正常结构和功能，使食物通过食管时受阻。患者在吞咽固体食物时可能感觉更为明显，表现为吞咽费力、哽噎感，严重时甚至无法吞咽固体食物，只能进食流食。长期吞咽困难可导致患者营养摄入不足，出现体重下降、消瘦等营养不良表现，尤其对于本身身体状况较差、营养储备不足的老年人或慢性疾病患者，影响更为显著。
2.反流：患者可能出现食物或胃液反流至口腔，这是因为食管的正常生理功能受到破坏，食管下括约肌的抗反流机制受损。反流物可能刺激口腔、咽喉部，引起不适，如咽喉疼痛、异物感等。同时，反流还可能进一步加重呼吸道症状，因为反流物更容易通过瘘口进入气管。
三、其他症状
1.呼吸困难：当瘘口较大，大量食物或分泌物进入气管，可导致气道阻塞，引起呼吸困难。轻者表现为活动后气促，严重时即使在安静状态下也可出现明显的呼吸困难，表现为呼吸急促、费力，可伴有发绀，即皮肤、黏膜呈现青紫色。呼吸困难可呈进行性加重，严重威胁患者生命安全，尤其是对于心肺功能较差的老年患者或存在其他心肺基础疾病的患者，更容易出现严重的呼吸困难并发症。
2.营养不良：长期的吞咽困难、呛咳导致患者进食受限，营养物质摄入不足，可逐渐出现营养不良。表现为体重减轻、贫血，患者面色苍白、头晕、乏力，血浆蛋白水平降低，影响机体的正常生理功能和免疫力。对于儿童患者，营养不良会影响生长发育，导致身高、体重增长缓慢，智力发育也可能受到一定程度的影响。
