唇裂的发生可能与遗传、环境等多种因素有关，具体包括营养缺乏、感染和损伤、内分泌影响、药物因素、物理因素、烟酒因素等，此外，唇裂患儿常伴有身体其他部位的畸形，其直系亲属中也可能有类似畸形。
1.遗传因素：唇裂有相当部分是遗传的，直系亲属中有唇裂者，其后代发生该病的比率为4%左右。一般认为单侧唇裂在唇裂婴儿中发生的比率为1/600，如果是双侧唇裂，则为1/300。
2.环境因素：主要指胚胎生长发育的环境而言，母体的整个生理状态即构成了胚胎发育的环境条件。因此，在妊娠前三个月内，当母体的生理状态受到侵袭或干扰时，就可能影响胚胎颌面部的发育。
营养缺乏：在实验动物研究中发现小鼠缺乏维生素A、B2及叶酸等食物成分时，可以产生唇裂等畸形。所以在妊娠早期的营养缺乏可能是发病诱因之一。
感染和损伤：母体在妊娠初期如遭受某种损伤，特别是能够引起子宫及其邻近部位的损伤，如不正当的不全人工流产或不科学的药物坠胎等，都能影响胚胎的发育而导致畸形。
内分泌的影响：实验证明，孕鼠在孕后9天、10天、11天各注射肾上腺皮质激素，其所产幼鼠中多有上唇裂发生。因此，在部分唇裂患儿中，可能与其母亲在孕早期的内分泌失调有关。
药物因素：多数药物进入母体后都能通过胎盘进入胚胎。有些药物可能影响胚胎的发育而造成畸形，目前已知的抗肿瘤药物（如环磷酰胺、氨甲喋呤等）、抗惊厥药物（苯妥英钠）、抗组织胺药物及治疗妊娠性呕吐的敏克静和某些安眠药物（如沙立度胺）均可导致胎儿畸形。
物理因素：如X线、同位素等。
烟酒因素：资料表明，孕妇早期大量吸烟及酗酒，其子女唇裂的发生率比无烟酒嗜好的孕妇要高。
3.其他因素：唇裂患儿往往伴有身体其他部位的畸形。在患儿直系亲属中，也可能有类似的畸形发生。此外，在直系亲属中有唇裂者，其后代发生该病的比率为4%左右，比亲属中无唇裂畸形者要高。
