急性肠胃炎鉴别诊断可能包括食物中毒、细菌性痢疾、霍乱、溃疡性结肠炎、克罗恩病等。
1、食物中毒
食物中毒多有共同进餐史，进食相同受污染食物后多人同时发病，潜伏期短，常为数分钟到数小时，症状以恶心、呕吐、腹痛、腹泻为主，但一般无发热或发热较低，且较少出现黏液脓血便。急性肠胃炎虽也可能因不洁饮食引发，但不一定有共同进餐史，发热情况相对更常见。
2、细菌性痢疾
细菌性痢疾由痢疾杆菌引起，有流行病学史，如接触过痢疾患者或到过疫区。主要症状为腹痛、腹泻、里急后重及排黏液脓血便，粪便常规检查可见大量白细胞、红细胞及脓细胞，粪便培养可检出痢疾杆菌。急性肠胃炎粪便多为稀便或水样便，一般无里急后重，粪便常规白细胞数量相对较少。
3、霍乱
霍乱是烈性肠道传染病，起病急骤，先剧烈腹泻，后呕吐，多为无痛性腹泻，粪便呈米泔水样，无粪臭，严重者因大量失水导致脱水、电解质紊乱及周围循环衰竭。急性肠胃炎虽也有腹泻，但症状相对较轻，粪便性状和严重程度与霍乱有明显区别。
4、溃疡性结肠炎
溃疡性结肠炎起病缓慢，病程较长，有反复发作的腹泻、黏液脓血便及左下腹痛，病变多自直肠逆行向上，肠镜检查可见肠黏膜充血、水肿、糜烂及溃疡形成。急性肠胃炎起病急，病程短，症状缓解后一般无肠道黏膜的持续性病变。
5、克罗恩病
克罗恩病可累及全消化道，以腹痛、腹泻、体重下降、腹块、瘘管形成和肠梗阻为特点，病变呈节段性或跳跃性分布，肠镜检查可见纵行溃疡、裂隙状溃疡及鹅卵石样改变。急性肠胃炎无这些典型的肠道病变特征和全身症状。
若出现疑似急性肠胃炎症状，且自行处理后症状无缓解或加重，或怀疑是其他严重疾病，应及时前往医院消化内科就诊，医生会进行全面检查以明确诊断并给予相应治疗。
