磷酸氯喹不是土霉素，二者是不同类型药物，在化学结构、作用机制、适应症等方面均存在明显差异。
磷酸氯喹是一种抗疟药物，其主要作用机制是干扰疟原虫的核酸代谢，在临床上常用于治疗对氯喹敏感的恶性疟、间日疟和三日疟，也可用于疟疾症状的抑制性预防，还应用于肠外阿米巴病、结缔组织病、光敏感性疾病等。而土霉素是一种四环素类广谱抗生素，主要通过抑制细菌蛋白质合成来起到抗菌作用，可用于治疗立克次体病、支原体感染、衣原体感染、回归热、布鲁氏菌病、霍乱、鼠疫等多种细菌感染性疾病。
此外，磷酸氯喹在新型冠状病毒感染流行期间，还曾应用于新型冠状病毒感染的治疗，但因其副作用较大，尤其对心脏有明显毒性作用，严重的可以出现心脏骤停，所以使用时需谨慎。土霉素则具有一定的不良反应，如胃肠道反应、过敏反应、影响牙齿发育、导致畸形等，在使用过程中要严格遵照医嘱。
