阿奇霉素和阿莫西林都可用于治疗扁桃体发炎，但具体的治疗效果取决于扁桃体发炎的病因。
扁桃体发炎可分为急性扁桃体炎和慢性扁桃体炎，常见病因包括病毒感染、细菌感染等。阿莫西林属于β-内酰胺类抗生素，主要作用于对青霉素敏感的细菌，通过抑制细菌细胞壁的合成发挥杀菌作用。当扁桃体发炎由溶血性链球菌、肺炎链球菌等对阿莫西林敏感的细菌引起时，使用阿莫西林治疗通常能取得较好的效果，可有效减轻炎症，缓解咽痛、发热等症状。
阿奇霉素属于大环内酯类抗生素，其抗菌谱较广，除了对部分革兰阳性菌有作用外，对支原体、衣原体等非典型病原体也有较好的抗菌活性。如果扁桃体发炎是由支原体、衣原体感染，或患者对青霉素类药物过敏，无法使用阿莫西林时，阿奇霉素是一种合适的替代选择。然而，如果扁桃体发炎是由病毒感染引起，如腺病毒、鼻病毒等，使用阿奇霉素和阿莫西林则无效，因为抗生素对病毒没有杀灭作用，此时主要以对症治疗为主。
