牛黄上清丸和黄连上清丸的区别在于成分、功效、适用人群和不良反应。牛黄上清丸适用于症状严重人群，黄连上清丸适用于症状轻微人群，孕妇、儿童等人群应在医生指导下使用，服用期间应避免食用辛辣食物。
1.成分不同：牛黄上清丸由人工牛黄、薄荷、菊花、荆芥穗、白芷、川芎、栀子、黄连、黄柏、黄芩、大黄、连翘、赤芍、当归、地黄、桔梗、甘草、石膏、冰片等19味中药组成；黄连上清丸由黄连、栀子（姜制）、连翘、蔓荆子（炒）、防风、荆芥穗、白芷、黄芩、菊花、薄荷、大黄、黄柏、桔梗、川芎、石膏、旋覆花、甘草组成。
2.功效不同：牛黄上清丸清热泻火，散风止痛。用于热毒内盛、风火上攻所致的头痛眩晕、目赤耳鸣、咽喉肿痛、口舌生疮、牙龈肿痛、大便燥结；黄连上清丸清热通便，散风止痛。用于上焦风热，头晕脑胀，牙龈肿痛，口舌生疮，咽喉红肿，耳痛耳鸣，暴发火眼，大便干燥，小便黄赤。
3.适用人群不同：牛黄上清丸适用于咽喉肿痛、口舌生疮、牙龈肿痛等症状较为严重的人群；黄连上清丸适用于头晕脑胀、牙龈肿痛、口舌生疮等症状较为轻微的人群。
4.不良反应不同：牛黄上清丸的不良反应尚不明确；黄连上清丸的不良反应主要有恶心、呕吐、腹痛、腹泻等胃肠道反应，以及皮疹、瘙痒等过敏反应。
需要注意的是，牛黄上清丸和黄连上清丸均为处方药，需要在医生的指导下使用。同时，这两种药物都含有较多的中药成分，孕妇、哺乳期妇女、儿童、年老体弱者以及患有其他疾病的人群应在医生的指导下使用。此外，在使用这两种药物期间，应避免食用辛辣、油腻、刺激性食物，以免影响药效。
