肛门乳头瘤有癌变可能，但总体癌变几率较低。多数情况下，肛门乳头瘤是肛管处的良性增生，90%以上为良性，不过存在0.5%-1%的癌变概率。
若长期不治疗，瘤体可能增大，增加恶变风险。当瘤体在3-6个月内直径从<1cm长到>2cm，表面变得凹凸不平，或从光滑肿物变成菜花状、溃疡状且触碰易出血，同时伴随排便习惯改变（如腹泻便秘交替）、黏液血便、肛门剧烈疼痛等高危症状时，癌变风险显著升高。
此外，长期便秘、腹泻导致肛乳头反复受粪便摩擦，黏膜损伤修复过程中可能发生基因突变；若合并HPV感染（尤其是高危型16、18型），癌变风险也会显著增加。因此，一旦发现肛门乳头瘤，应及时就医，通过肛门镜等检查明确诊断，必要时进行手术切除，并常规做病理诊断，以排除恶变。
