脑炎及时治疗仍有可能出现后遗症，但发生概率与严重程度受多种因素影响。
脑炎是脑实质受病原体侵袭引发的炎症性病变，即便及时治疗，如果病原体毒性强、感染范围广，如单纯疱疹病毒脑炎对脑组织破坏严重，即便早期干预，也可能因神经细胞大量损伤、坏死，导致后续出现癫痫、智力发育迟缓、肢体运动障碍等后遗症。
此外，患者自身免疫力、病情严重程度以及治疗方案是否精准也较为重要。年幼或老年患者，因神经系统发育不完善或功能衰退，相对更易遗留后遗症；如果病情发现时已进展到昏迷、频繁抽搐等严重阶段，即便积极治疗，仍可能因脑功能不可逆损伤出现失语、记忆力减退等问题。但是，多数轻症脑炎患者经及时、规范治疗，可有效控制炎症，减少脑组织损伤，降低后遗症发生风险，部分患者甚至能完全康复，不遗留任何后遗症。
