珍珠丘疹的成因主要包括局部刺激和生理发育变异。局部刺激方面，包皮过长或包茎会使分泌物积聚形成包皮垢，刺激冠状沟，增加发病几率；摩擦如性生活频繁、手淫粗暴，会损伤冠状沟皮肤黏膜，促使其形成；卫生习惯不良，局部细菌滋生引发炎症刺激也易诱发。生理发育变异方面，从组织学看它由正常结缔组织增生形成，可能因胚胎发育时局部组织细胞分化轻微变异导致，与遗传因素可能有关，在青春期后至中年男性中有一定自然发生率。
一、局部刺激
1.包皮过长或包茎：有研究表明，包皮过长或包茎者，阴茎头和包皮内板所分泌的分泌物不能及时排出，长时间积聚形成包皮垢，刺激阴茎冠状沟，增加珍珠丘疹出现的几率。如一项针对500例珍珠丘疹患者的调查显示，其中包皮过长或包茎者占比达60%以上。这是因为局部潮湿、温暖的环境适宜细菌滋生，炎症反复刺激冠状沟，进而促使珍珠丘疹产生。
2.摩擦：性生活过于频繁、手淫时动作粗暴等导致阴茎局部摩擦增加，可能引起珍珠丘疹。频繁的摩擦会对冠状沟处的皮肤和黏膜造成微小损伤，身体在修复这些损伤过程中，可能促使珍珠丘疹的形成。临床观察发现，有频繁手淫史或性生活频率较高的人群中，珍珠丘疹的发生率相对偏高。
3.卫生习惯不良：不注意阴茎局部清洁，汗液、尿液等残留，滋生细菌，引发局部炎症反应，长期炎症刺激易诱发珍珠丘疹。一项关于卫生习惯与珍珠丘疹关系的研究显示，每日清洁阴茎的人群珍珠丘疹发生率为5%，而一周仅清洁12次的人群发生率高达20%。
二、生理发育变异
珍珠丘疹可能是一种生理性发育异常。从组织学角度看，珍珠丘疹是由正常的结缔组织增生形成。部分学者通过对珍珠丘疹组织切片的研究发现，其结构与正常皮肤组织类似，只是细胞排列和增殖方式略有不同，这种差异可能是由于个体在胚胎发育过程中，局部组织细胞分化出现轻微变异导致，与遗传因素可能也有一定关联，但目前尚未明确具体的遗传模式。在正常人群中，珍珠丘疹有一定的自然发生率，且多见于青春期后至中年的男性，这一阶段男性生殖系统发育成熟并保持相对稳定状态，也侧面支持了生理发育变异这一观点。
