尿道口囊肿的成因分为先天性和后天性因素，先天性因素包括胚胎发育异常，如尿道沟融合不完全致局部组织残留形成囊肿，男性发生概率相对高，有家族遗传病史风险增加，不同年龄段症状有别；还有尿道旁腺导管先天性狭窄或堵塞，分泌物积聚成囊肿，女性相对常见，长期憋尿会增加风险。后天性因素有尿道损伤，外部暴力或医疗操作致尿道受损，修复中形成瘢痕阻塞导管或改变结构成囊肿，男性及年长者风险高；尿道感染，病原体感染引发炎症，使导管口狭窄堵塞形成囊肿，不注意卫生、女性及糖尿病患者易感染；尿道结石，结石移动损伤黏膜、阻塞导管致囊肿，年长者和男性发生结石概率高，有结石病史者囊肿可能性增加。
一、先天性因素
1.胚胎发育异常：在胚胎发育过程中，尿道的形成是一个复杂的过程。如果在这个阶段出现异常，例如尿道沟融合不完全，就可能导致局部组织残留，进而形成囊肿。这种先天性的发育异常在出生时可能就已经存在，但囊肿可能较小，没有明显症状，随着年龄的增长才逐渐被发现。不同年龄段的影响有所不同，儿童时期可能因囊肿影响排尿，出现排尿困难、尿线变细等症状；成年人可能除了排尿异常外，还可能影响性生活质量。性别方面，男性和女性胚胎发育过程中尿道形成机制不同，男性尿道较长且结构更复杂，发生发育异常导致囊肿的概率相对较高。有家族遗传病史的人群，其胚胎发育异常的风险可能会增加。
2.尿道旁腺导管阻塞：尿道旁腺在正常情况下会分泌一些液体，起到润滑和保护尿道的作用。当尿道旁腺导管因先天性狭窄或堵塞时，分泌物无法正常排出，就会在腺体内积聚，形成囊肿。这种情况在女性中相对较为常见，因为女性尿道较短，尿道旁腺的结构和功能特点使得导管更容易发生阻塞。生活方式上，长期憋尿可能会增加尿道内压力，影响尿道旁腺分泌物的排出，从而增加囊肿形成的风险。
二、后天性因素
1.尿道损伤：尿道受到外部暴力损伤，如骑跨伤、骨盆骨折等，或者进行尿道器械检查、导尿等医疗操作时损伤尿道黏膜，都可能导致尿道局部组织受损。受损的组织在修复过程中可能会形成瘢痕，瘢痕挛缩可能会阻塞尿道旁腺导管或引起尿道局部结构改变，进而形成囊肿。男性由于尿道较长且位置相对暴露，在一些高危职业（如建筑工人、运动员等）中，发生尿道损伤的概率相对较高。年龄较大的人群，尿道组织的弹性和修复能力较差，损伤后更容易形成囊肿。有尿道损伤病史的患者，再次发生囊肿的风险也会增加。
2.尿道感染：细菌、病毒等病原体感染尿道后，会引起尿道黏膜的炎症反应。炎症会导致尿道黏膜充血、水肿，分泌物增多。如果感染长期不愈或反复发作，会使尿道旁腺导管口狭窄或堵塞，分泌物排出不畅，从而形成囊肿。不注意个人卫生、性生活不洁等生活方式因素容易诱发尿道感染。女性尿道较短且与阴道、肛门相邻，更容易受到细菌污染，发生尿道感染的概率较高。糖尿病患者由于血糖控制不佳，机体免疫力下降，容易发生尿道感染，进而增加尿道口囊肿的发生风险。
3.尿道结石：尿道结石在尿道内移动时，会对尿道黏膜造成摩擦和损伤，同时结石还可能阻塞尿道旁腺导管，导致分泌物排出受阻，形成囊肿。年龄较大的人群，由于尿道黏膜的退行性变和尿道肌肉功能减弱，更容易发生尿道结石，进而增加囊肿形成的风险。男性尿道较长且有几个生理狭窄部位，结石更容易停留，发生尿道结石的概率相对较高。有尿道结石病史的患者，发生尿道口囊肿的可能性也会增加。
