咽喉人乳头瘤存在恶变的可能，但恶变概率相对较低。
咽喉人乳头瘤主要由人乳头瘤病毒（HPV）感染引起，常见的感染类型为HPV-6和HPV-11，这两种类型导致的咽喉人乳头瘤多为良性病变，生长相对缓慢，通过手术切除等治疗方式，预后较好，恶变风险较小。
然而，如果感染高危型HPV（如HPV-16、HPV-18等），恶变的可能性会增加。此外，病变部位也会影响恶变风险，发生在声门上区、舌根等部位的人乳头瘤，由于位置特殊，手术切除难度较大，残留病灶的可能性较高，恶变风险相对高于声带等部位的病变。病程较长、反复复发的咽喉人乳头瘤，随着时间推移，细胞发生异常增生和恶变的概率也会升高。患者自身免疫功能低下，如患有艾滋病、长期使用免疫抑制剂等情况，无法有效清除病毒，也会促进肿瘤恶变。
